Tworzenie się reakcji ochronnych organizmu, czyli odporności, jest niemożliwe bez aktywnego udziału w procesie prawidłowej mikroflory jelitowej. Przy dysbakteriozie w mikroflorze jelita następuje przesunięcie ilościowej parzystości drobnoustrojów na korzyść patogenu, w którym normalna praca tego narządu jest zerwana, a zatem następuje osłabienie odporności. Z kolei jego osłabienie prowadzi do wzrostu liczby patogennych mikroorganizmów w mikroflory jelitowej, co jest charakterystyczne dla dysbiozy. Okazuje się, że odporność i dysbakterioza są ze sobą nierozerwalnie związane.
Schemat wzajemnego oddziaływania odporności i równowagi biologicznej w jelicie najłatwiej zobaczyć na przykładzie niemowlęcia. W chwili narodzin mikroflora dziecka jest absolutnie czysta, a odporność zaczyna dopiero tworzyć się przy pomocy tak zwanych specjalnych środków układu odpornościowego. Dysbacteriosis zaburza funkcjonowanie komórek limfoidalnych, które syntetyzują immunoglobuliny i lizozym, które chronią organizm przed infekcjami. W tym przypadku różne alergeny, trujące substancje, które zostały uprzednio zablokowane przez mikroflorę jelitową, gdy są naruszane, przedostają się do krwioobiegu i zakażają organizm.
Wysepki tkanki limfatycznej, które pełnią funkcję ochronną, są przede wszystkim podatne na destrukcyjne zmiany w dysbiozie. Naruszenie procesów trawienia i wchłaniania prowadzi do ograniczenia przyswajania składników odżywczych, witamin, mikroelementów i ostatecznie do niedoboru odpornościowego organizmu człowieka. Pewne błędne koło powstaje, gdy niedobór odporności powoduje dostęp do mikroflory jelitowej w celu penetracji patogennych bakterii i toksyn. Dlatego leczenie dysbakteriozy bez wpływu na odporność jest bardzo trudne, prawie niemożliwe, szczególnie w okresie niemowlęcym.
Tworzenie mikroflory jelitowej przebiega w następujących etapach:
- Mikroorganizmy wchodzące do jelita z ciała matki.
- Przez mleko matki mnożą się pożyteczne lakto- i bifidobakterie.
- Tworzenie dobrej odporności.
W przyszłym procesie interakcji drobnoustrojów jelitowych z siłami ochronnymi dziecka, drobnoustroje zamieszkujące mikroflorę, pozwalają zachować bardzo starszą odporność organizmu człowieka. Użyteczna rola drobnoustrojów polega również na tym, że oni, spożywając substancje, zostawiają na diecie patogenne drobnoustroje chorobotwórcze.