Anomálie ve vývoji vnitřních orgánů u lidí jsou běžné a pankreas v tomto ohledu není výjimkou. Odchylky od normy v tomto orgánu nejsou neobvyklé.Hlavním důvodem jsou genetické vady, které vyvolávají abnormální vývoj orgánů a systémů.
Mezi těmito svědci je nejčastějším extra pancéřou, když spolu s hlavním orgánem u člověka je ještě jedna menší žláza. Může se nacházet jak v gastrointestinálním traktu, tak mimo něj - v játrech, ledvinách a slezině.Obvykle jsou tyto další žlázy neaktivní a v žádném případě se nevykazují.Jejich přítomnost v těle je náhodně zjištěna, například při gastrofibroskopickém vyšetření gastrointestinálního traktu. Miniaturní žlázy se obtížně odlišují od polypů a vředů, takže biopsie je zapotřebí k přesné diagnostice.
Další vrozená malformace je krční pankreas. Normální orgán má prodloužený tvar a pro danou anomálii železa v podobě prstence obklopuje dvanáctník v určité části. Taková vada může nepříznivě ovlivnit průchodnost jídla, protože střeva se rozdrtí pankreasem. To se projevuje tupou bolestí v břiše z pravé strany, pocit těžkosti, nevolnosti, zvracení, malátnosti. Tento defekt žlázy se obvykle vyskytuje při vyšetření peptického vředu nebo pankreatitidy.
Mezi kongenitálními malformacemi - ve většině případů - jsou asymptomatické defekty. Takové potíže, jako porušení trávení a chronické pankreatitidy, mohou nastat se zúženým kanálem.
Pokud jsou anomálie příčinou potíží, vyžaduje se chirurgický zákrok. Pouze tímto způsobem může být toto tělo přivedeno do stavu co nejblíže normálu.
Při cystické fibróze existuje anomálie, jako je cystická fibróza pankreatu. Cystická fibróza je onemocnění, ve kterém jsou téměř všechny biologické tekutiny koncentrované v těle. To ovlivňuje všechny orgány a systémy, včetně pankreatu. Kondenzovaná pankreatická šťáva způsobuje stagnaci žlázy a postupnou degeneraci orgánu. Bohužel dnes neexistuje žádná účinná léčba cystickou fibrózou, ale používají jak antibakteriální, enzymatickou substituci, tak i chirurgickou léčbu.