Anomálie vo vývoji vnútorných orgánov u ľudí sú bežné a pankreas v tomto ohľade nie je výnimkou. Odchýlky od normy v tomto orgáne nie sú nezvyčajné.Hlavným dôvodom sú genetické chyby, ktoré spôsobujú abnormálny vývoj orgánov a systémov.
Medzi takéto zlozvyky je najčastejšie extra pancéřou, keď spolu s hlavným orgánom u človeka je ešte jedna menšia žľaza. Môže sa nachádzať v gastrointestinálnom trakte a mimo neho - v pečeni, obličkách a slezine. Obvykle sú tieto ďalšie žľazy neaktívne a v žiadnom prípade sa nevyjadrujú.Ich prítomnosť v tele sa zistí náhodou, napríklad pri gastrofibroskopickom vyšetrení gastrointestinálneho traktu. Miniatúrne žľazy sa ťažko odlišujú od polypov a vredov, takže biopsia je potrebná na presnú diagnózu.
Ďalšou vrodenou malformáciou je prstencovitá pankreas. Normálny orgán má predĺžený tvar a pre danú anomáliu železa vo forme prstenca obopína duodenum v určitej časti. Takáto chyba môže nepriaznivo ovplyvniť priechodnosť jedla, pretože črevá sa rozdrvuje v pankrease. Toto sa prejavuje tupou bolesťou v bruchu na pravej strane, pocitom ťažkosti, nevoľnosťou, vracaním, malátnosťou. Tento nedostatok žľazy sa zvyčajne vyskytuje počas vyšetrenia na peptický vred alebo pankreatitídu.
Medzi kongenitálnymi malformáciami - vo väčšine prípadov - dochádza k anomálii kanála - asymptomatická porucha. Takéto ťažkosti, ako porušenie trávenia a chronickej pankreatitídy, môžu nastať so zúženým kanálikom.
Ak anomálie spôsobujú problémy, vyžaduje sa chirurgický zákrok. Iba týmto spôsobom môže byť toto telo privedené do stavu čo najbližšie k normálu.
Pri cystickej fibróze sa vyskytuje anomália, ako je napríklad cystická fibróza pankreasu. Cystická fibróza je ochorenie, v ktorom sú v tele sústredené takmer všetky biologické tekutiny. To ovplyvňuje všetky orgány a systémy vrátane pankreasu. Zložená pankreatická šťava spôsobuje stagnáciu v žľaze a postupnú degeneráciu orgánu. Bohužiaľ, dnes neexistuje žiadna účinná liečba cystickou fibrózou, ale používa sa antibakteriálna, enzymatická substitúcia a chirurgická liečba.