Anomalije pri razvoju notranjih organov pri ljudeh so pogoste in pankreasa v zvezi s tem ni nobena izjema. Odstopanja od norm v tem organu niso redka. Glavni razlog so genetske okvare, ki povzročajo nenormalni razvoj organov in sistemov.
Med takimi poškodbami je najpogostejša dodatna trebušna slinavka, kadar skupaj z glavnim organom pri ljudeh obstaja še ena manjša žleza. Lahko se nahaja tako v gastrointestinalnem traktu kot izven nje - v jetrih, ledvicah, vranici. Običajno so te dodatne žleze neaktivne in se na noben način ne manifestirajo. Njihova prisotnost v telesu se odkrita slučajno, na primer pri gastrofibroskopskem pregledu gastrointestinalnega trakta. Minilne žleze je težko razlikovati od polipov in razjed, zato je potrebna biopsija za natančno diagnozo.
Druga prirojena malformacija je obročasto oblikovana trebušna slinavka. Običajni organ ima podolgovate oblike in za določeno anomalijo železa v obliki obroča obkroža dvanajsternik v določenem delu tega dela. Takšna napaka lahko negativno vpliva na prehajanje hrane, ker je črevesja podvržena trebušni slinavki. To se kaže z dolgočasno bolečino v trebuhu na desni strani, občutkom težnosti, slabostjo, bruhanjem, slabostjo. Ta pomanjkljivost žleze je običajno ugotovljena med pregledom za peptični ulkus ali pankreatitis.
Med prirojenim malformacijam so anomalije kanala - v večini primerov - asimptomatska napaka. Takšne težave, kot kršitev prebave in kroničnega pankreatitisa, se lahko pojavijo z zoženim kanalom.
Če anomalije povzročajo težave, je potrebna kirurška intervencija. Samo na ta način se lahko to telo prinese v čim bližje normalnemu stanju.
Pri cistični fibrozi je anomalija, kot je cistična fibroza trebušne slinavke. Cistična fibroza je bolezen, v kateri so skoraj vse biološke tekočine koncentrirane v telesu. To vpliva na vse organe in sisteme, vključno s trebušno slinavko. Kondenziran pankreasni sok povzroči stagnacijo v žlezi in postopno degeneracijo organa.Žal danes ni učinkovitega zdravljenja s cistično fibrozo, ampak uporabljamo tako antibakterijsko, encimsko substitucijo in kirurško zdravljenje.