Oblikovanje zaščitnih reakcij telesa, to je imunosti, je nemogoče brez aktivne udeležbe v tem procesu običajne mikroflore črevesja. Pri dysbakteriozi v mikroflori črevesja pride do premika kvantitativne parnosti mikroorganizmov v korist patogenov, pri katerih se normalno delo tega organa razbije in s tem slabitev imunitete. Po drugi strani pa njegovo oslabitev povzroči povečanje števila patogenih mikroorganizmov v črevesni mikroflori, kar je značilno za dysbiosis. Izkazalo se je, da sta imuniteta in dysbakterioza med seboj neločljivo povezana.
Shema medsebojnega vpliva imunosti in biološkega ravnovesja v črevesju je najlažje videti na primeru dojenčka. V času rojstva je otroška mikroflora popolnoma čista in imuniteta se šele začenja oblikovati s pomočjo tako imenovanih posebnih sredstev imunskega sistema. Disbakterioza moti delovanje limfoidnih celic, ki sintetizirajo imunoglobuline in lizocim, ki ščitijo telo pred okužbami. V tem primeru so različni alergeni, strupene snovi, ki jih je črevesna mikroflora predhodno blokirala, ko pride do krvavitve, vstopijo v krvni obtok in okužijo telo.
Otliki limfnega tkiva, ki izvajajo zaščitno funkcijo, so v prvi vrsti dovzetni za uničujoče spremembe pri dysbiozi. Kršitve prebavnih in absorpcijskih procesov vodijo k omejevanju asimilacije hranil, vitaminov, mikroelementov in končno do imunske pomanjkljivosti človeškega telesa. Določen začaran krog se ustvari, ko imunodeficienca omogoča črevesno mikrofloro, ki je dostopna za penetracijo patogenih bakterij in toksinov. Zato je zdravljenje disbakterioze brez vpliva na imunost zelo težko, skoraj nemogoče, še posebej v povojih.
Ustvarjanje črevesne mikroflore poteka skozi naslednje faze:
- Mikroorganizmi, ki vstopajo v črevo iz materinega telesa.
- Skozi mleko mame se pomnožijo koristne lakto- in bifidobakterije.
- Oblikovanje dobre imunitete.
V prihodnjem procesu medsebojnega delovanja črevesnih mikrobov z zaščitnimi silami otroka mikrobi, ki živijo v mikroflori, omogočajo, da v zelo staro dobo ohranijo dobro imuniteto človeškega telesa. Koristna vloga mikroorganizmov je tudi v tem, da s prehrano snovi zapustijo patogene mikroorganizme s staranjem.