Anomālijas iekšējo orgānu attīstībā cilvēkiem ir izplatītas, un aizkuņģa dziedzeris šajā ziņā nav izņēmums. Novirzes no šī orgāna normas nav nekas neparasts. Galvenais iemesls ir ģenētiski defekti, kas izraisa orgānu un sistēmu patoloģisku attīstību.
Starp šādiem trūkumiem visbiežāk sastopama papildu aizkuņģa dziedzeris, kad kopā ar cilvēka galveno orgānu ir vēl viens mazāks dziedzeris. To var izvietot gan kuņģa-zarnu traktā, gan ārpus tā - aknās, nierēs, liesā.Parasti šīs papildu dziedziņas ir neaktīvas un nekādā veidā neizpaužas. To klātbūtne organismā tiek atklāta nejauši, piemēram, kuņģa-zarnu trakta gastrofibroskopiskajā izmeklēšanā.Miniatūras dziedzeri ir grūti atšķirt no polipiem un čūlas, tāpēc biopsija ir nepieciešama precīzai diagnostikai.
Vēl viena iedzimta anomālija ir gredzenveida aizkuņģa dziedzeris. Parastajai orgānai ir izstiepta forma, un dzelzs formas anomālija formā gredzens aptver divpadsmitpirkstu zarnu noteiktā tā daļā.Šāds defekts var nelabvēlīgi ietekmēt pārtiku, jo zarnu iznīcina aizkuņģa dziedzeris. To izpaužas kā sliktas sāpes vēderā labajā pusē, smaguma sajūta, slikta dūša, vemšana, nespēks.Šis dziedzera defekts parasti tiek konstatēts peptiskās čūlas vai pankreatīta izmeklēšanā.
Starp iedzimtām anomālijām - vairumā gadījumu - ir asimptomātisks defekts starp kanāla anomālijām.Šādas nepatikšanas, kā gremošanas traucējumi un hronisks pankreatīts, var rasties sašaurinātā kanālā.
Ja anomālijas izraisa problēmas, nepieciešama ķirurģiska iejaukšanās. Tikai šādā veidā šo ķermeni var ievest stāvoklī pēc iespējas tuvāk normālai.
Cistiskā fibroze ir anomālija, piemēram, aizkuņģa dziedzera cistiskā fibroze. Cistiskā fibroze ir slimība, kurā gandrīz visi bioloģiskie šķidrumi ir koncentrēti organismā.Tas ietekmē visus orgānus un sistēmas, tai skaitā aizkuņģa dziedzeri. Aizkuņģa dziedzera kondensētā sula izraisa stagnāciju dziedzeros un pakāpenisku orgānu deģenerāciju. Diemžēl šodienas ārstēšanai nav efektīvas cistiskās fibrozes, bet tiek izmantota gan antibakteriāla, gan fermentatīvā aizvietošana, gan ķirurģiska ārstēšana.